"Clocks" được viết nhạc và sáng tác trong những giai đoạn cuối sản xuất album thứ hai của Coldplay, A Rush of Blood to the Head. Một đoạn riff đột nhiên xuất hiện trong tâm trí của Chris Martin vào một đêm nọ ở Liverpool khi anh bước chân vào phòng thu, nơi anh phát triển nó trên cây piano. Theo Martin, "Clocks" được lấy cảm hứng từ ban nhạc rock người Anh Muse. Martin giới thiệu đoạn riff này cho guitarist ban nhạc là Jonny Buckland, rồi Jonny đã thêm một chùm hợp âm guitar vào đĩa hát cơ bản. "Anh ấy xách lên chiếc guitar của mình [một dấu hiệu chắc chắn rằng anh thích ca khúc] và chơi các hợp âm tuyệt vời này...Nó giống như một quá trình phản ứng hóa học vậy."